Heatmap: Cluster_2 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	4h after treatment	4h after treatment,No nitrate	8h after treatment	8h after treatment,No nitrate	20C	20h after treatment	20h after treatment,No nitrate	20h after treatment,Nocodazole added	36h after treatment	36h after treatment,No phosphate	Blue light,10min after light change	Blue light,60min after light change	Bohlin	CCAP1055/1,20C	CCAP1055/1,20C,High CO2,OligoDT primed	CCAP1055/1,20C,Low CO2,OligoDT primed	CCAP1055/1,20C,Normal CO2,OligoDT primed	CCMP2561	CCMP2561 Nitrase Reductase Knockout	CCMP632	CCMP632,24h	CCMP632,48h	CCMP632,72h	CCMP632,High light acclimated WT	CCMP632,Low light acclimated WT	NEPCC640,8h,1000ppmv CO2	NEPCC640,8h,390 ppmv CO2	No light,8h after treatment	Pt-1	Pt-1 8.6	Pt-1 8.6,With nitrogen	Pt-1 8.6,Without nitrogen	Red light,0min before light change	UTEX 646,Blue light	UTEX 646,No light
PTI_00G00300.1	0.09	0.19	0.22	0.33	0.06	0.17	0.15	1.0	0.07	0.14	0.06	0.1	0.07	0.21	0.14	0.22	0.02	0.12	0.12	0.02	0.07	0.09	0.05	0.04	0.02	0.07	0.01	0.03	0.01	0.04	0.1	0.02	0.08	0.0	0.0
PTI_00G02870.1	0.0	0.0	0.05	0.0	0.07	0.05	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.05	0.0	0.11	0.0	0.05	0.0	0.02	0.08	0.0	0.0	0.0	0.0
PTI_00G03470.1	0.04	0.08	0.09	0.11	0.04	0.07	0.04	1.0	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.05	0.05	0.03	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.02	0.01	0.05	0.0	0.01	0.01	0.05	0.07	0.02	0.01	0.0	0.0
PTI_01G00220.1	0.08	0.14	0.1	0.19	0.08	0.11	0.15	1.0	0.09	0.13	0.07	0.07	0.02	0.03	0.05	0.09	0.05	0.1	0.07	0.03	0.08	0.11	0.05	0.04	0.02	0.07	0.01	0.05	0.02	0.06	0.07	0.05	0.06	0.02	0.01
PTI_01G03220.1	0.04	0.04	0.16	0.07	0.01	0.02	0.01	1.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.01	0.03	0.04	0.03	0.02	0.05	0.0	0.13	0.14	0.02	0.01	0.0	0.02	0.0	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.07	0.0
PTI_01G11720.1	0.03	0.06	0.07	0.1	0.04	0.05	0.06	1.0	0.02	0.05	0.02	0.02	0.01	0.05	0.03	0.06	0.02	0.04	0.02	0.01	0.08	0.08	0.04	0.03	0.01	0.03	0.0	0.01	0.01	0.04	0.06	0.03	0.02	0.01	0.0
PTI_03G00360.1	0.05	0.11	0.1	0.15	0.1	0.08	0.1	1.0	0.09	0.1	0.02	0.02	0.12	0.03	0.05	0.08	0.06	0.05	0.03	0.07	0.08	0.08	0.07	0.06	0.06	0.09	0.03	0.04	0.04	0.06	0.08	0.04	0.02	0.01	0.1
PTI_03G02240.1	0.11	0.2	0.19	0.31	0.18	0.21	0.17	1.0	0.13	0.17	0.33	0.4	0.22	0.39	0.13	0.19	0.05	0.18	0.1	0.12	0.14	0.29	0.09	0.07	0.02	0.05	0.02	0.08	0.09	0.14	0.15	0.08	0.4	0.15	0.21
PTI_03G03960.1	0.09	0.19	0.21	0.21	0.07	0.13	0.1	1.0	0.06	0.11	0.04	0.04	0.02	0.01	0.08	0.12	0.13	0.09	0.07	0.05	0.07	0.12	0.04	0.05	0.02	0.1	0.01	0.01	0.03	0.1	0.18	0.02	0.05	0.05	0.0
PTI_04G02370.1	0.04	0.12	0.08	0.15	0.02	0.06	0.14	1.0	0.02	0.04	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.0	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01
PTI_04G03230.1	0.14	0.26	0.2	0.23	0.11	0.14	0.13	1.0	0.05	0.14	0.03	0.04	0.03	0.03	0.11	0.15	0.18	0.11	0.07	0.17	0.04	0.08	0.02	0.08	0.04	0.2	0.03	0.01	0.07	0.12	0.2	0.08	0.04	0.03	0.0
PTI_04G05430.1	0.16	0.24	0.2	0.31	0.08	0.2	0.28	1.0	0.21	0.25	0.05	0.06	0.05	0.05	0.1	0.09	0.04	0.28	0.19	0.05	0.09	0.11	0.06	0.06	0.02	0.06	0.05	0.06	0.05	0.06	0.05	0.06	0.05	0.09	0.02
PTI_04G05440.1	0.16	0.2	0.2	0.26	0.06	0.16	0.21	1.0	0.16	0.18	0.08	0.09	0.05	0.08	0.09	0.09	0.05	0.13	0.14	0.05	0.07	0.11	0.05	0.06	0.01	0.07	0.07	0.06	0.06	0.04	0.04	0.03	0.09	0.17	0.1
PTI_05G00500.1	0.04	0.1	0.1	0.17	0.05	0.07	0.08	1.0	0.03	0.06	0.0	0.01	0.0	0.0	0.03	0.06	0.02	0.03	0.01	0.01	0.03	0.05	0.02	0.02	0.01	0.06	0.0	0.01	0.01	0.04	0.05	0.04	0.01	0.0	0.0
PTI_05G00510.1	0.05	0.13	0.15	0.23	0.1	0.09	0.12	1.0	0.04	0.09	0.01	0.02	0.0	0.0	0.27	0.43	0.23	0.14	0.04	0.19	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.08	0.0	0.01	0.03	0.04	0.05	0.04	0.02	0.01	0.0
PTI_05G00520.1	0.04	0.09	0.1	0.14	0.1	0.07	0.08	1.0	0.03	0.07	0.01	0.03	0.0	0.04	0.31	0.43	0.19	0.19	0.06	0.01	0.1	0.16	0.08	0.03	0.02	0.06	0.0	0.01	0.01	0.07	0.07	0.08	0.02	0.0	0.0
PTI_05G01670.1	0.1	0.25	0.18	0.31	0.19	0.16	0.23	1.0	0.11	0.19	0.17	0.25	0.33	0.13	0.05	0.11	0.05	0.07	0.05	0.06	0.17	0.38	0.14	0.1	0.03	0.05	0.01	0.1	0.06	0.11	0.13	0.09	0.25	0.09	0.11
PTI_05G01740.1	0.1	0.25	0.18	0.31	0.19	0.16	0.23	1.0	0.11	0.19	0.17	0.25	0.33	0.13	0.05	0.11	0.05	0.07	0.05	0.06	0.17	0.38	0.14	0.1	0.03	0.05	0.01	0.1	0.06	0.11	0.13	0.09	0.25	0.09	0.11
PTI_05G04320.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.14	0.0	0.22	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.2	0.0	0.0	0.0	0.2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
PTI_06G00540.1	0.09	0.24	0.18	0.25	0.02	0.12	0.1	1.0	0.04	0.07	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01	0.07	0.0	0.01	0.0	0.02	0.0	0.01	0.0	0.01	0.02	0.0	0.03	0.0	0.0
PTI_07G00190.1	0.08	0.19	0.13	0.22	0.1	0.13	0.11	1.0	0.05	0.12	0.04	0.05	0.01	0.02	0.14	0.21	0.12	0.1	0.05	0.04	0.11	0.13	0.04	0.04	0.03	0.05	0.0	0.02	0.01	0.08	0.1	0.07	0.06	0.02	0.01
PTI_07G00200.1	0.08	0.22	0.2	0.33	0.11	0.15	0.16	1.0	0.07	0.14	0.03	0.04	0.02	0.06	0.12	0.28	0.05	0.16	0.06	0.06	0.05	0.11	0.07	0.04	0.03	0.06	0.0	0.02	0.02	0.08	0.1	0.09	0.04	0.0	0.0
PTI_07G00340.1	0.15	0.24	0.26	0.35	0.19	0.19	0.22	1.0	0.12	0.19	0.26	0.27	0.15	0.14	0.06	0.1	0.01	0.18	0.11	0.04	0.07	0.2	0.05	0.11	0.04	0.08	0.15	0.08	0.05	0.13	0.1	0.08	0.28	0.04	0.09
PTI_07G04050.1	0.09	0.17	0.11	0.18	0.06	0.1	0.11	1.0	0.05	0.09	0.04	0.06	0.04	0.03	0.03	0.08	0.03	0.07	0.05	0.03	0.07	0.11	0.05	0.03	0.02	0.05	0.01	0.03	0.03	0.06	0.07	0.07	0.06	0.03	0.01
PTI_09G00700.1	0.04	0.08	0.07	0.13	0.05	0.06	0.06	1.0	0.02	0.05	0.02	0.03	0.01	0.01	0.06	0.07	0.07	0.04	0.02	0.02	0.03	0.07	0.02	0.02	0.01	0.05	0.0	0.01	0.01	0.06	0.08	0.04	0.03	0.0	0.0
PTI_10G02670.1	0.11	0.09	0.17	0.14	0.05	0.1	0.05	1.0	0.03	0.06	0.04	0.05	0.02	0.03	0.13	0.15	0.05	0.07	0.04	0.04	0.13	0.17	0.06	0.08	0.02	0.1	0.05	0.01	0.03	0.08	0.13	0.03	0.04	0.12	0.0
PTI_10G02830.1	0.06	0.12	0.1	0.25	0.05	0.09	0.2	1.0	0.1	0.15	0.0	0.0	0.0	0.11	0.0	0.02	0.0	0.15	0.02	0.01	0.08	0.04	0.11	0.0	0.0	0.0	0.0	0.09	0.04	0.01	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0
PTI_11G01200.1	0.09	0.24	0.16	0.28	0.08	0.14	0.23	1.0	0.19	0.22	0.07	0.08	0.08	0.04	0.05	0.13	0.02	0.15	0.11	0.07	0.07	0.07	0.06	0.08	0.05	0.1	0.02	0.1	0.07	0.05	0.06	0.05	0.1	0.11	0.12
PTI_11G03910.1	0.11	0.25	0.17	0.28	0.12	0.2	0.14	1.0	0.11	0.14	0.09	0.08	0.02	0.13	0.02	0.03	0.01	0.05	0.06	0.02	0.15	0.27	0.02	0.18	0.02	0.04	0.1	0.05	0.05	0.11	0.13	0.08	0.09	0.05	0.04
PTI_14G00580.1	0.02	0.05	0.06	0.09	0.07	0.05	0.04	1.0	0.02	0.05	0.02	0.03	0.03	0.01	0.15	0.15	0.29	0.06	0.03	0.05	0.01	0.05	0.0	0.03	0.03	0.08	0.0	0.0	0.01	0.09	0.12	0.07	0.03	0.0	0.0
PTI_14G00590.1	0.03	0.07	0.08	0.12	0.04	0.05	0.05	1.0	0.02	0.04	0.0	0.01	0.01	0.0	0.07	0.08	0.17	0.04	0.02	0.01	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01	0.1	0.0	0.0	0.01	0.04	0.06	0.02	0.01	0.0	0.0
PTI_14G00620.1	0.03	0.07	0.08	0.13	0.05	0.05	0.06	1.0	0.02	0.05	0.01	0.02	0.03	0.01	0.06	0.08	0.14	0.02	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.03	0.02	0.17	0.0	0.01	0.02	0.08	0.11	0.05	0.02	0.0	0.0
PTI_14G00660.1	0.04	0.09	0.11	0.17	0.07	0.07	0.08	1.0	0.03	0.06	0.02	0.03	0.02	0.02	0.09	0.12	0.22	0.03	0.02	0.02	0.02	0.04	0.01	0.05	0.03	0.07	0.0	0.01	0.02	0.1	0.16	0.07	0.03	0.0	0.0
PTI_14G00820.1	0.02	0.03	0.07	0.06	0.01	0.04	0.01	1.0	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01	0.02	0.02	0.06	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.13	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0
PTI_15G00030.1	0.08	0.12	0.14	0.14	0.06	0.12	0.11	1.0	0.08	0.09	0.16	0.14	0.11	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.06	0.02	0.09	0.08	0.05	0.01	0.01	0.0	0.0	0.07	0.05	0.02	0.02	0.01	0.15	0.04	0.05
PTI_15G01020.1	0.03	0.06	0.07	0.11	0.03	0.06	0.05	1.0	0.03	0.04	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.03	0.04	0.05	0.02	0.01	0.03	0.0	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.0	0.0
PTI_15G01160.1	0.06	0.12	0.11	0.21	0.12	0.07	0.13	1.0	0.03	0.05	0.03	0.06	0.02	0.05	0.05	0.08	0.03	0.15	0.07	0.08	0.11	0.21	0.04	0.11	0.05	0.16	0.05	0.03	0.04	0.24	0.22	0.29	0.05	0.05	0.05
PTI_15G02380.1	0.07	0.12	0.12	0.25	0.13	0.1	0.12	1.0	0.06	0.09	0.1	0.14	0.04	0.05	0.15	0.19	0.13	0.12	0.08	0.05	0.09	0.16	0.09	0.07	0.04	0.24	0.01	0.03	0.02	0.1	0.13	0.08	0.11	0.01	0.0
PTI_16G03170.1	0.04	0.08	0.09	0.12	0.04	0.06	0.04	1.0	0.02	0.04	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.08	0.03	0.04	0.02	0.01	0.05	0.08	0.02	0.02	0.01	0.04	0.0	0.01	0.0	0.04	0.05	0.02	0.01	0.0	0.0
PTI_17G01160.1	0.15	0.29	0.27	0.41	0.13	0.21	0.28	1.0	0.13	0.22	0.06	0.09	0.07	0.05	0.16	0.22	0.2	0.18	0.14	0.09	0.04	0.16	0.02	0.09	0.02	0.23	0.06	0.05	0.04	0.18	0.2	0.19	0.09	0.17	0.09
PTI_18G03090.1	0.15	0.23	0.15	0.23	0.09	0.16	0.17	1.0	0.08	0.08	0.06	0.09	0.02	0.03	0.07	0.08	0.09	0.11	0.13	0.02	0.05	0.11	0.03	0.12	0.05	0.02	0.02	0.03	0.02	0.12	0.23	0.08	0.08	0.04	0.0
PTI_19G00370.1	0.1	0.24	0.23	0.33	0.11	0.16	0.17	1.0	0.06	0.15	0.02	0.03	0.03	0.02	0.28	0.33	0.37	0.18	0.09	0.02	0.03	0.05	0.03	0.05	0.03	0.17	0.01	0.02	0.02	0.09	0.13	0.07	0.03	0.0	0.0
PTI_19G00470.1	0.08	0.18	0.14	0.19	0.1	0.13	0.1	1.0	0.07	0.12	0.05	0.07	0.01	0.02	0.11	0.16	0.06	0.09	0.05	0.02	0.09	0.11	0.05	0.05	0.02	0.08	0.01	0.03	0.01	0.1	0.14	0.07	0.07	0.02	0.0
PTI_20G01480.1	0.11	0.22	0.23	0.41	0.07	0.17	0.19	1.0	0.09	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.1	0.17	0.08	0.1	0.03	0.02	0.04	0.08	0.04	0.04	0.03	0.02	0.0	0.03	0.02	0.05	0.09	0.03	0.01	0.0	0.0
PTI_21G00760.1	0.04	0.06	0.1	0.08	0.03	0.05	0.05	1.0	0.03	0.04	0.05	0.05	0.04	0.07	0.03	0.03	0.03	0.1	0.13	0.02	0.16	0.37	0.05	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.09	0.08	0.06	0.05	0.09	0.08
PTI_22G01940.1	0.07	0.14	0.15	0.24	0.08	0.1	0.21	1.0	0.13	0.15	0.03	0.04	0.1	0.1	0.1	0.15	0.07	0.19	0.17	0.03	0.05	0.08	0.03	0.08	0.02	0.07	0.01	0.02	0.04	0.14	0.09	0.18	0.04	0.15	0.1
PTI_22G02060.1	0.09	0.18	0.14	0.21	0.1	0.15	0.16	1.0	0.14	0.16	0.07	0.08	0.06	0.04	0.09	0.12	0.07	0.14	0.14	0.09	0.11	0.13	0.07	0.07	0.04	0.07	0.05	0.06	0.05	0.09	0.12	0.07	0.08	0.13	0.04
PTI_23G02010.1	0.06	0.13	0.11	0.21	0.09	0.09	0.17	1.0	0.07	0.12	0.13	0.19	0.21	0.43	0.07	0.07	0.08	0.11	0.11	0.07	0.05	0.13	0.05	0.11	0.05	0.19	0.02	0.03	0.11	0.18	0.13	0.27	0.17	0.11	0.12
PTI_23G02160.1	0.09	0.18	0.14	0.28	0.08	0.11	0.2	1.0	0.1	0.12	0.02	0.05	0.04	0.03	0.07	0.12	0.04	0.17	0.12	0.04	0.07	0.12	0.06	0.05	0.02	0.14	0.01	0.03	0.03	0.07	0.1	0.07	0.04	0.04	0.0
PTI_23G02220.1	0.03	0.08	0.07	0.1	0.02	0.05	0.04	1.0	0.02	0.04	0.0	0.01	0.0	0.0	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.0	0.03	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.05	0.09	0.02	0.0	0.0	0.0
PTI_23G02230.1	0.03	0.08	0.07	0.1	0.02	0.05	0.04	1.0	0.02	0.04	0.0	0.01	0.0	0.0	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.0	0.03	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.05	0.09	0.02	0.0	0.0	0.0
PTI_25G00700.1	0.06	0.1	0.09	0.05	0.01	0.04	0.01	1.0	0.01	0.01	0.01	0.02	0.0	0.02	0.01	0.02	0.0	0.02	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.05	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01
PTI_25G00830.1	0.08	0.24	0.2	0.28	0.04	0.17	0.1	1.0	0.06	0.11	0.06	0.06	0.09	0.02	0.04	0.1	0.03	0.07	0.04	0.02	0.03	0.05	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.01	0.01	0.03	0.04	0.02	0.06	0.02	0.04
PTI_25G01490.1	0.12	0.31	0.24	0.36	0.07	0.15	0.17	1.0	0.04	0.13	0.05	0.09	0.01	0.07	0.16	0.22	0.17	0.11	0.05	0.01	0.07	0.14	0.04	0.05	0.01	0.11	0.0	0.01	0.01	0.06	0.08	0.07	0.07	0.0	0.0
PTI_26G00680.1	0.09	0.16	0.2	0.23	0.02	0.11	0.11	1.0	0.05	0.11	0.05	0.07	0.01	0.05	0.05	0.02	0.07	0.08	0.14	0.01	0.03	0.12	0.02	0.08	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.05	0.02	0.08	0.15	0.01
PTI_29G00600.1	0.05	0.11	0.14	0.21	0.14	0.08	0.11	1.0	0.05	0.08	0.04	0.05	0.04	0.07	0.07	0.09	0.14	0.05	0.04	0.04	0.02	0.07	0.02	0.12	0.06	0.11	0.0	0.02	0.05	0.13	0.18	0.08	0.05	0.02	0.02
PTI_32G00040.1	0.09	0.24	0.13	0.26	0.1	0.12	0.16	1.0	0.06	0.13	0.04	0.07	0.03	0.04	0.13	0.21	0.14	0.12	0.1	0.06	0.1	0.16	0.05	0.05	0.03	0.09	0.0	0.02	0.02	0.13	0.16	0.12	0.06	0.01	0.02

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)